Привет, в Windows 2003 можно довольно узко - отключить, включить применив GPO на определенную группу компьютеров, как настраивать GPO для отключения USB написано в соответствующем KB: https://support.microsoft.com/kb/823732
Данная политика позволяет отключать съемные устройства, принтера и USB манипуляторы (каливатура, мышь) будут работать.
Политику необходимо применять ну определенную организационную единицу или группу, человек уволился или ушел в отпуск:
переместил компьютер в нужную OU или сделал членом группы компьютер на котором работал сотрудник