После деплоя ключей, обычно необходимо передернуть сервисы, которые используют эти ключи, например nginx или запустить какой-либо скрипт, который перезапускает сервисы или выполнят любе другие действия, пример рабочей команды:
acme.sh --install-cert -d <domain.zone> \
--cert-file /etc/nginx/certs/<domain.zone>/cert \
--key-file /etc/nginx/certs/<domain.zone>/key \
--fullchain-file /etc/nginx/certs/<domain.zone>/fullchain \
--reloadcmd "/path/to/script/script.sh; systemctl restart nginx.service"